Il porto e il villaggio di Arsaghena, sorto nei pressi della chiesa di Santa Maria Maggiore, facevano parte della Diocesi medievale di Civita (fig. 1) e della curatoria di Unales del Giudicato di Gallura, il cui territorio era compreso tra il mare, le colline di Cugnana, e il Riu di Caràna-Riu di Liscia (fig. 2).

Fig. 1 - Le diocesi della Sardegna nel Medioevo (da PINNA 2008, p. 94).

Fig. 2 - Le Curatorie del Giudicato di Gallura (da PINNA 2008, p. 91).

La conquista del restante territorio giudicale da parte dei Pisani si effettuò lentamente, tra il 1299 e il 1308. Nel 1330, dopo la sconfitta dei Pisani, superata l’ostilità della popolazione locale, Arzachena e la curatoria di Unale, invasi dalle truppe di Ramon de Cardona, passarono alla Corona di Aragona.

Nel 1346 Giovanni d’Arborea, fratello di Mariano IV, riuscì ad acquistare la villa e il porto di Arzachena, proprietà di Francesco Daurats il quale lo unì in feudo a Fundimonte che comprendeva la città di Civita o di Terranova (l’odierna Olbia).

Il paese venne abbandonato tra la fine del XIV secolo e l’inizio del XV secolo a causa di una pestilenza.

L’odierna Arzachena si ripopolò stabilmente tra la fine del XVIII e l’inizio del XIX secolo, grazie al contributo della popolazione delle zone circostanti, che si aggregarono attorno alla chiesa di Santa Maria Maggiore, ricostruita nel 1776 (fig. 3).

Fig. 3 - La Sardegna Medievale (da PINNA 2008, p. 42).