Le port et le village d'Arsaghena, qui s'est développé à proximité de l'église Santa Maria Maggiore, faisait partie de la Diocèse médiévale de Civita (fig. 1) et de la curatoria d'Unales du Judicat de Gallura, dont le territoire se situait entre la mer, les collines de Cugnana, et le Riu di Caràna-Riu de Liscia (fig. 2).

Fig. 1 - Les diocèses de Sardaigne au Moyen-Âge (PINNA 2008, p. 94).

Fig. 2 - Les Curatorie du Judicat de Gallura (PINNA 2008, p. 91).

La conquête du territoire restant du Judicat, entre 1299 et 1308, de la part des Pisans fut lente. En 1330, suite à la défaite des Pisans, au terme des hostilités de la population locale, Arzachena et la curatoria d'Unale, envahies par les troupes de Ramon de Cardona, passèrent à la Couronne d'Aragon. En 1346, Giovanni d’Arborea, frère de Mariano IV, parvint à racheter la villa et le port d'Arzachena, qui appartenaient à Francesco Daurats ; celui-ci l'unit en fief à Fundimonte qui comprenait la ville de Civita ou de Terranova (l'actuelle Olbia).

Le village fut abandonné entre la fin du XIVe siècle et le début du XVe siècle suite à une épidémie de peste. L'actuelle Arzachena fut repeuplée de façon stable entre la fin du XVIIIe et le début du XIXe siècle, lorsque la population des zones environnantes s'installa autour de l'église Santa Maria Maggiore, reconstruite en 1776 (fig. 3).

Fig. 3 - La Sardaigne Médiévale (PINNA 2008, p. 42).