Der Hafen und das Dorf Arsaghena, in der Nähe der Kirche Santa Maria Maggiore, gehörte zur mittelalterlichen Diözese Civita (Abb. 1) und zur Curatoria Unales des Giudikats Gallura, deren Gebiet zwischen dem Meer, den Hügeln von Cugnana und dem Riu di Caràna-Riu di Liscia lag (Abb. 2).

Abb. 1 - Die Diözesen Sardiniens im Mittelalter (aus: Pinna 2008, S. 94).

Abb. 2 - Die Curatorie des Giudikats Gallura (aus: Pinna 2008, S. 91).

Die Eroberung des restlichen giudikalen Territoriums durch die Pisaner erfolgt langsam zwischen dem Jahr 1299 und dem Jahr 1308. 1330 fielen Arzachena und die Curatoria Unale nach der Niederlage der Pisaner und der Überwindung der Feinseligkeit der lokalen Bevölkerung durch die Invasion der Truppen von Ramon de Cardona an die Krone von Aragona. 1346 gelang es Giovanni d’Arborea, dem Bruder von Marianus IV., die Villa und den Hafen von Arzachena einzunehmen, Eigentum von Francesco Daurats, der sie mit dem Lehen Fundimonte zusammenfasste, das die Stadt Civita oder Terranova umfasste (das heutige Olbia).

Das Dorf wurde zwischen Ende des 14. Jahrhunderts und Anfang des 15. Jahrhunderts aufgrund einer Pest aufgegeben.

Das heutige Arzachena bevölkerte sich wieder zwischen dem Ende des 18. Jahrhunderts und dem Beginn des 19. Jahrhunderts durch den Zuzug der Bevölkerung aus der Umgebung, die sich um die Kirche Santa Maria Maggiore herum ansiedelten, die 1776 wiederaufgebaut wurde (Abb. 3).

Abb. 3 - Das mittelalterliche Sardinien (aus: Pinna 2008, S. 42).