El puerto y el pueblo de Arsaghena, surgido cerca de la iglesia de Santa Maria Maggiore, formaban parte de la Diócesis medieval de Civita (fig. 1) y de la curatoria (división administrativa sarda) de Unales del Giudicato de Gallura, cuyo territorio estaba comprendido entre el mar, las colinas de Cugnana, y el Riu de Caràna-Riu de Liscia (fig. 2).

Fig. 1 - Las diócesis de Cerdeña en el Medioevo (desde PINNA 2008, pág. 94).

Fig. 2 - Las Curatorie del Giudicato de Gallura (desde PINNA 2008, pág. 91).

La conquista del restante territorio del Giudicato de parte de los Pisanos se llevó a cabo lentamente, entre 1299 y 1308. En 1330, tras la derrota de los Pisanos, superada la hostilidad de la población local, Arzachena y la curatoria de Unale, invadidos por las tropas de Ramon de Cardona, pasaron a la Corona de Aragón.

En 1346 Giovanni d’Arborea, hermano de Mariano IV, consiguió comprar el pueblo y el puerto de Arzachena, propiedad de Francesco Daurats el cual lo unió en feudo a Fundimonte que comprendía la ciudad de Civita o de Terranova (la actual Olbia).

El pueblo quedó abandonado entre el final del siglo XIV y el principio del siglo XV a causa de una pestilencia.

La actual Arzachena se repobló establemente entre el final del siglo XVIII y el principio del siglo XIX, gracias a la contribución de la población de las zonas cercanas, que se unieron alrededor de la iglesia de Santa Maria Maggiore, reconstruida en 1776 (fig. 3).

Fig. 3 - Cerdeña Medieval (desde PINNA 2008, pág. 42).