In der Römischen Epoche befanden sich an den Landstraßen oft Nekropolen und ca. ein Kilometer nördlich von Tharros, im heutigen San Giovanni di Sinis, befindet sich eine zuerst heidnische und später dann christliche Nekropole. In diesem Friedhofsbezirk wurde wahrscheinlich zwischen dem 6. und dem 7. Jahrhundert n. Chr. Eine kleine frühchristliche Basilika errichtet, deren Überreste unter der aktuellen Kirche San Giovanni gefunden wurden, bei der sie zum Teil als Fundament verwendet wurden (Abb. 1-3).

Abb. 1 - Lage der Kirch San Giovanni mit Bezug auf Tharros: A) die Nekropole; B) Su Muru Mannu (von Google Earth. Überarbeitung von C. Tronchetti)

Abb. 2 - Die Kirche San Giovanni (Foto von Unicity S.p.A.)

Abb. 3 - Grundriss der Kirche San Giovanni mit Überresten vorausgehender Bauwerke (aus: MESSINA, MUREDDU 2002, S. 241)

Das aktuelle Aussehen der Kirche beruht auf Abänderungen des ersten Bauwerks mit kreuzförmigem Grundriss. Die Arme in Längsrichtung wurden abgetragen und der nach Osten weisende Arm wurde in eine Apsis verwandelt; innen wurde die Kirche in drei Schiffe unterteilt (Abb.  4-8).

Abb. 4 - Grundriss der Kirche San Giovanni (aus: CORONEO 1999, S. 38)

Abb. 5 - Die Kirche San Giovanni (Foto von Unicity S.p.A.)

Abb. 6 - Fassade der Kirche San Giovanni (Foto von Unicity S.p.A.)

Abb. 7 - Apsis der Kirche San Giovanni (Foto von Unicity S.p.A.)

Abb. 8 - Details einer verschlossenen Bifore (Foto von Unicity S.p.A.)

Es ist festzustellen, dass ein großer Teil der Steinblöcke, die für die Errichtung des ersten Bauwerks verwendet wurden, von der Nekropole stammen; auch bei der nachfolgenden Kirche wurde Material aus der bereits verfallenen Stadt Tharros verwendet, eine Praxis, die auch bei vielen anderen Fundstätten gut dokumentiert ist.

Die Kirche San Giovanni wurde in ihrer heutigen Form auf Grundlage der strukturellen Eigenschaften der Apsis sowie des Vorhandensein der Biforen und des Querschiffs allgemein als protoromanisch datiert, um das 10. bis 11. Jahrhundert.